Toda a área do norte do Espírito Santo era dominada por várias tribos indígenas que foram apelidadas pelos colonizadores de Botocudos, em razão do uso do botoque no lábio inferior ou nos lóbulos da orelhas. Os Botocudos viviam em conflito com outras tribos como Pataxós, Cumanachos, Malalis, entre outros. Além dos conflitos armados, a região do vale do Rio Doce foi tardiamente colonizada, pois temia-se que invasores pudessem utilizar o rio para chegar até Minas Gerais e ameaçar as riquezas do período da Mineração. Toda essa região fazia parte do município de Reis Magos, atual município da Serra, mas no início do século XIX várias iniciativas de colonização foram sendo incentivadas. Linhares foi um dos primeiros povoados nesse período.

Em 1833 Linhares alcançava a categoria de Vila, época quando o trecho entre o rio Guandu e Regência começou a ser loteado, pois a navegação do rio por Barcos a vapor passou a ser muito utilizada, e o comércio foi se instalando na região. Em 1876, italianos, alemães, suíços, poloneses e também brasileiros, foram se instalando em lotes em Santa Teresa, rumo ao rio Doce, formando propriedades agrícolas. Em 1888, já era elevada à Vila a antiga sede do Núcleo Colonial “Senador Antonio Prado”, passando esta para as margens do rio Santa Maria do Rio Doce, logo abaixo da barra do rio Mutum. Estava nascendo o povoado de Mutum, hoje Boapaba. O novo Núcleo “Antonio Prado” já estava com seus lotes demarcados pelo engenheiro Gabriel Emílio da Costa, então chefe da Comissão de Colonização. Dos diversos povoados que formavam o Núcleo “Antonio Prado”, um ficou mais conhecido, o “Barracão de Santa Maria” devido a facilidades de comunicação fluvial com outros povoados, de Baixo Guandu a Linhares e Regência. Em 1890, depois da chegada de várias levas de imigrantes italianos, foi instalado um “barracão” para o Governo, no bairro hoje conhecido como Colatina Velha, localizado atrás da igreja de São Sebastião. Em 1892 começaram a ser construídas as primeiras casas da cidade de Colatina.

O Barracão do Rio Santa Maria do Doce, em Colatina Velha, cresceu e se tornou um povoado, levantado pelos imigrantes liderados pelo engenheiro Gabriel Emílio da Costa. O distrito de Baunilha começou quase que na mesma época do Barracão de Santa Maria, principalmente após a implantação, em 1906, da Ferrovia Vitória a Minas.

Em 9 de dezembro de 1899, o povoado de Colatina Velha recebe o nome de Vila de Colatina, subordinado ao município de Linhares, em homenagem à dona Colatina, esposa do então presidente do Estado, Muniz Freire. Retratando a diversidade étnica presente no Espírito Santo, a região de Colatina tem população multifacetada, predominantemente descendentes de africanos e indígenas de diversas etnias e de europeus italianos, alemães e portugueses.

A ocupação das áreas onde hoje situam-se o município de Colatina tem relação com a lógica da reprodução da expansão da lavoura cafeeira para as terras de rarefeita ocupação vizinhas ou ao norte do Rio Doce. Colaboraram também em tal processo a pouco disponibilidade de terras agricultáveis na região Centro-serrana do Espírito Santo, que privava muitas famílias da tradição da herança. Isso tornou imperioso a posse de novas terras.

Tal movimento foi potencializado pela primeira estação da Estrada de Ferro Diamantina, hoje conhecida como Estrada de Ferro Vitória a Minas em Colatina e com a comunicação direta com Vitória efetivada, em virtude da construção da primeira ponte sobre o Rio Doce em solo capixaba, inaugurada em 1928. O eixo logístico formado pela conjugação da ponte com a EFVM determinou uma centralidade no que tange ao norte do Espírito Santo e áreas dos estados vizinhos (leste de MG e Sul da Bahia) que até nos dias atuais rendem a Colatina a liderança em oferta de serviços de educação, saúde e comércio varejista.

A crescente vida econômica de Colatina abalou Linhares, tanto administrativa, quanto politicamente. Todo o comércio de grande parte de Minas Gerais e do Espírito Santo, que era feito em Linhares, passou a ser feito em Colatina.

Então surge um movimento em favor de Colatina, liderado pelo Coronel Alexandre Calmon, “o Professor Xandoca”, que fez com que Colatina passasse a ser a sede do município, transportando todos os arquivos para Colatina. Em 1907 Colatina torna-se, legalmente, a sede do município, que anteriormente era Linhares. Colatina continuava como Vila, com a Câmara Municipal de Linhares e a sede da Comarca com todo o aparelhamento judiciário. Linhares continuava a ser a sede do município e da Comarca, apenas nominalmente. Toda a sua administração concentrava-se em Colatina. Com a Revolta do Professor Xandoca, parentes dele passaram a morar em Colatina, exercendo liderança política, como Virgínio Calmon Ferreira Fernandes, que foi o primeiro prefeito do município, em 1921, Xenócrates Calmon de Aguiar e Augusto Pedrinha Du Pin Calmon, pai do ex-senador colatinense João de Medeiros Calmon.

A 30 de dezembro de 1921 foi criado o município de Colatina, separado de Linhares, com território que compreendia toda a área então pertencente ao município de Linhares, inicialmente  as terras dos atuais municípios de Alto Rio Novo, Baixo Guandu, Governador Lindenberg, Linhares, Marilândia, Pancas, São Domingos do Norte e São Gabriel da Palha. Linhares acabava de perder sua categoria de sede municipal, passando a ser Vila subordinada a Colatina. Só em 1945 Linhares foi desmembrado de Colatina.